Một phần vì Ashikaga Takauji thành lập Mạc phủ của mình bằng cách ủng hộ Thiên Hoàng chống lại Mạc phủ Kamakura trước đó, nhà Ashikaga chia sẻ nhiều quyền lực với Hoàng gia hơn Mạc phủ Kamakura. Do đó, Mạc phủ này cũng yếu hơn so với Mạc phủ Kamakura hay Mạc phủ Tokugawa. Hệ thống kiểm soát tập trung các chư hầu được sử dụng dưới thời Kamakura được thay thế bằng một hệ thống daimyo (lãnh chúa địa phương) phân tán hơn, quyền lực quân sự của nhà Ashikaga dựa chủ yếu vào sự trung thành của các daimyo.